常用的抗甲状腺药物有丙硫氧嘧啶和甲巯咪唑，一般首选丙硫氧嘧啶，而甲巯咪唑则由于其致畸性，一般很少选用。但孕中期，胎儿进入稳定生长期，已经度过容易畸形的时期，可以选用甲巯咪唑。孕中期选用甲巯咪唑的原因，通常是因为两者粒细胞缺乏症的发生率不同。粒细胞缺乏症是甲巯咪唑与丙硫氧嘧啶所致不良反应中最严重的，丙硫氧嘧啶的发生率为0.44%，而甲巯咪唑则为0.12%，并且甲巯咪唑与用药剂量有关，而丙硫氧嘧啶与剂量无关。所以，若考虑粒细胞缺乏症，甲巯咪唑比丙硫氧嘧啶有优势。粒细胞缺乏会使准妈妈的免疫力下降，进而增加各种感染的发生率，严重影响准妈妈和胎儿的健康。准妈妈若出现咽痛或发热时，应立即就诊，以排除是否发生粒细胞缺乏。发生粒细胞缺乏后，停药可以恢复，同时给予重组人粒细胞集落刺激因子可促进粒细胞恢复。